阴道微生态系统是人体微生态系统的重要组成，由阴道解剖结构、内分泌调节系统、局部免疫系统和阴道内的微生物菌群四部分共同组成。前三者为阴道微生物菌群提供了微生境，而阴道微生物菌群的存在，可以使阴道形成局部弱酸环境，抑制致病微生物在阴道里生长。
阴道微生物菌群是阴道微生态系统的核心。健康女性阴道微生物菌群中乳杆菌占优势，在维持阴道正常菌群平衡方面起着关键作用。阴道乳杆菌将阴道鳞状上皮细胞内的糖原分解转化为乳酸，使阴道形成局部弱酸环境（pH≤4.5），同时分泌过氧化氢、细菌素等，抑制致病微生物的生长，维持女性阴道微生态系统的平衡。
阴道微生态使得阴道微生物菌群和宿主之间形成了一种共生关系，相互制约，相互作用、相互依赖，保持着一种协调、平衡的状态。多阴道感染性疾病都和阴道微生态失调有一定关系。阴道微生态平衡失调时，阴道菌群和pH会发生变化，阴道对致病微生物的抵抗力下降，就会导致各种阴道感染的发生。